医療機関は、「居宅療養管理指導」、「訪問看護」、「訪問リハビリテーション」の3つの介護サービスにおいて「みなし指定」となり、通常の指定申請をする必要がありません。介護保険請求番号は既に登録されており、各都道府県の介護保険室など担当部局にて確認してください。参考までに、宮城の医療機関では、「041-(医療保険番号7桁)」の10桁が請求番号になるようです。
その後、各都道府県にある国保連に、入金先の口座番号を指定申請する必要があります。各都道府県の介護保険課に手続き書類を送ってもらうよう依頼する必要があります。但し、都道府県によっては、医療保険と介護保険が同様の入金先であれば、敢えて手続きをする必要がない場合もあります。
その後、実際に介護保険の請求を国保連に行うことになります。保険請求の方法は、原則として電子媒体で行うことになっております。そのソフトはWAM?NET(以下のアドレス)からダウンロードすることができます。都道府県によっては、電子媒体以外も認めているところもあるようです。
http://www.wam.jp/soft/index.html
以上が一連の流れとなります。